diff --git a/workflows/kallisto_collect.R b/workflows/kallisto_collect.R index 0e3c14573134fd9254d6fe1945ee5e9f59fe01b4..205be63e64cec3cd3f87497c6e6cd313551ee874 100644 --- a/workflows/kallisto_collect.R +++ b/workflows/kallisto_collect.R @@ -1,7 +1,7 @@ ö#!/usr/bin/env Rscript ################################################ -#### Test area (Within R) +#### CWL-independent tests ################################################ # arc_root <- "~/gitlab_dataplant/samplearc_rnaseq/" diff --git a/workflows/kallisto_index.sh b/workflows/kallisto_index.sh index 5d17eb3458933a5ba923b0c202077121dfefca8d..6cd3e178fa47e59af1e430a16e3def895dcefb37 100755 --- a/workflows/kallisto_index.sh +++ b/workflows/kallisto_index.sh @@ -4,7 +4,7 @@ ################################################ -#### CWL-free tests +#### CWL-independent tests ################################################ # in_genome_ref=studies/TalinumGenomeDraft/resources/Talinum.gm.CDS.nt.fa diff --git a/workflows/kallisto_quant.sh b/workflows/kallisto_quant.sh index f819f27a5ca4cb720e2b77a4610e4e66903b55c5..c1217416f77460b75944ccf50bb7cf9632a93ba8 100755 --- a/workflows/kallisto_quant.sh +++ b/workflows/kallisto_quant.sh @@ -4,7 +4,7 @@ ### Note, this is written for single-end mode only ################################################ -#### CWL-free tests +#### CWL-independent tests ################################################ # arc_root=/Users/dominikbrilhaus/gitlab_dataplant/samplearc_rnaseq diff --git a/workflows/kallisto_sleuth.R b/workflows/kallisto_sleuth.R index 164ba8eb41dc7c78061566ca562ccd653e0f90d3..ec3a84afe7aec0e9bab0b621c113e23e177a83bd 100644 --- a/workflows/kallisto_sleuth.R +++ b/workflows/kallisto_sleuth.R @@ -5,14 +5,13 @@ ################################################ ################################################ -#### Test area (Within R) +#### CWL-independent tests ################################################ # arc_root <- "~/gitlab_dataplant/samplearc_rnaseq/" # in_sleuth <- "runs/kallisto_collect/kallisto_sleuthObject.RData" # out_folder <- "runs/kallisto_sleuth" - ################################################ #### Load required library ################################################ diff --git a/workflows/merge_isa_metadata.R b/workflows/merge_isa_metadata.R index 2c0aa77e92261ea08f696762e458b6ac7e9c4a55..5af105c569fe6b23a20b25e53e82ef80eb76b787 100644 --- a/workflows/merge_isa_metadata.R +++ b/workflows/merge_isa_metadata.R @@ -1,7 +1,7 @@ #!/usr/bin/env Rscript ################################################ -#### Test area (Within R) +#### CWL-independent tests ################################################ # arc_root <- "~/gitlab_dataplant/samplearc_rnaseq/" diff --git a/workflows/shiny_prep.R b/workflows/shiny_prep.R index bd0967a26cc1ee57c2bbb03f7fcdd85cf8947596..a44796250a409d286eb330862a7cdb6c4b473036 100644 --- a/workflows/shiny_prep.R +++ b/workflows/shiny_prep.R @@ -1,7 +1,7 @@ #!/usr/bin/env Rscript ################################################ -#### Test area (Within R) +#### CWL-independent tests ################################################ # arc_root <- "~/gitlab_dataplant/samplearc_rnaseq/"