From e4c6c851f05e9912f525b6b4c5d1e6e0332af07c Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Dominik <dominik.brilhaus@hhu.de> Date: Wed, 10 Aug 2022 20:57:20 +0200 Subject: [PATCH] unify wording --- workflows/kallisto_collect.R | 2 +- workflows/kallisto_index.sh | 2 +- workflows/kallisto_quant.sh | 2 +- workflows/kallisto_sleuth.R | 3 +-- workflows/merge_isa_metadata.R | 2 +- workflows/shiny_prep.R | 2 +- 6 files changed, 6 insertions(+), 7 deletions(-) diff --git a/workflows/kallisto_collect.R b/workflows/kallisto_collect.R index 0e3c145..205be63 100644 --- a/workflows/kallisto_collect.R +++ b/workflows/kallisto_collect.R @@ -1,7 +1,7 @@ ö#!/usr/bin/env Rscript ################################################ -#### Test area (Within R) +#### CWL-independent tests ################################################ # arc_root <- "~/gitlab_dataplant/samplearc_rnaseq/" diff --git a/workflows/kallisto_index.sh b/workflows/kallisto_index.sh index 5d17eb3..6cd3e17 100755 --- a/workflows/kallisto_index.sh +++ b/workflows/kallisto_index.sh @@ -4,7 +4,7 @@ ################################################ -#### CWL-free tests +#### CWL-independent tests ################################################ # in_genome_ref=studies/TalinumGenomeDraft/resources/Talinum.gm.CDS.nt.fa diff --git a/workflows/kallisto_quant.sh b/workflows/kallisto_quant.sh index f819f27..c121741 100755 --- a/workflows/kallisto_quant.sh +++ b/workflows/kallisto_quant.sh @@ -4,7 +4,7 @@ ### Note, this is written for single-end mode only ################################################ -#### CWL-free tests +#### CWL-independent tests ################################################ # arc_root=/Users/dominikbrilhaus/gitlab_dataplant/samplearc_rnaseq diff --git a/workflows/kallisto_sleuth.R b/workflows/kallisto_sleuth.R index 164ba8e..ec3a84a 100644 --- a/workflows/kallisto_sleuth.R +++ b/workflows/kallisto_sleuth.R @@ -5,14 +5,13 @@ ################################################ ################################################ -#### Test area (Within R) +#### CWL-independent tests ################################################ # arc_root <- "~/gitlab_dataplant/samplearc_rnaseq/" # in_sleuth <- "runs/kallisto_collect/kallisto_sleuthObject.RData" # out_folder <- "runs/kallisto_sleuth" - ################################################ #### Load required library ################################################ diff --git a/workflows/merge_isa_metadata.R b/workflows/merge_isa_metadata.R index 2c0aa77..5af105c 100644 --- a/workflows/merge_isa_metadata.R +++ b/workflows/merge_isa_metadata.R @@ -1,7 +1,7 @@ #!/usr/bin/env Rscript ################################################ -#### Test area (Within R) +#### CWL-independent tests ################################################ # arc_root <- "~/gitlab_dataplant/samplearc_rnaseq/" diff --git a/workflows/shiny_prep.R b/workflows/shiny_prep.R index bd0967a..a447962 100644 --- a/workflows/shiny_prep.R +++ b/workflows/shiny_prep.R @@ -1,7 +1,7 @@ #!/usr/bin/env Rscript ################################################ -#### Test area (Within R) +#### CWL-independent tests ################################################ # arc_root <- "~/gitlab_dataplant/samplearc_rnaseq/" -- GitLab