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kallisto_index.sh 787 B
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#!/usr/bin/env bash

### Build kallisto index 

################################################
#### Read arguments from CLI
################################################

arc_root=$1
in_genome_ref=$2
out_folder=$3

################################################
#### Print version and citation to test kallisto 
################################################

kallisto version
kallisto cite

################################################
#### If it does not exist, create out dir
################################################

mkdir -p "$arc_root/$out_folder/"


################################################
#### Build kallisto index
################################################

kallisto index -i "$arc_root/$out_folder/kallisto_index" "$arc_root/$in_genome_ref"