kallisto_sleuth.R

#!/usr/bin/env Rscript
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### Diff. gene expression with sleuth ##########
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#### CWL-independent tests
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# arc_root <- "~/gitlab_dataplant/samplearc_rnaseq/"
# in_sleuth <- "runs/kallisto_collect/kallisto_sleuthObject.RData"
# out_folder <- "runs/kallisto_sleuth"

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#### Load required library
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library(sleuth)
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#### Read arguments from CLI
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args <- commandArgs(trailingOnly = T)

in_sleuth <- args[1]
out_folder <- args[2]

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#### If it does not exist, create out dir
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dir.create(out_folder, recursive = T, showWarnings = F)

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#### Load sleuth object
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load(file = in_sleuth)

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#### Run sleuth fit
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so <- sleuth_fit(so)
so <- sleuth_fit(so, ~condition, "full")
so <- sleuth_fit(so, ~1, "reduced")
so <- sleuth_lrt(so, "reduced", "full")

sleuth_table <- sleuth_results(so, "reduced:full", "lrt", show_all = FALSE)

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#### write to file
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write.csv(sleuth_table, paste(out_folder, "sleuth_dge.csv", sep = "/"), row.names = F)