Update to ARC specs v1
add protocols:
- [ ] studies/CMML_standards/protocols/prep_standards.md
-
assays/MassHunter_targets/protocols
add metadata:
-
[ ] studies/CMML_standards/isa.study.xlsx
-
[ ] assays/GCqTOF_targets/isa.assay.xlsx ->
Assay
metadata -
[ ] assays/MassHunter_targets/isa.assay.xlsx ->
Assay
metadata -
[ ] studies/CMML_standards/isa.study.xlsx ->
Study
-
next time: parameterize protocols into isa.assay.xlsx
Next next step
-
describe data outputs in assays/.../isa.datapackages.xlsx | isa.type.xlsx | isa.run.xlsx | ... - [ ] from multiple studies to one assay (e.g. protocol grouping)
.
├── studies
│ ├── TalinumFacultativeCAM
│ │ ├── isa.study.xlsx
│ │ ├── protocols
│ │ │ └── plant_growth.txt
│ │ └── resources
│ │ ├── DB_097
│ │ ├── DB_099
│ │ ├── DB_103
│ │ └── ...
│ ├── CMML_standards
│ │ ├── isa.study.xlsx
│ │ ├── protocols
│ │ │ └── prep_controls.txt
│ │ └── resources
│ │ ├── Blank
│ │ ├── StdMix5
│ │ └── StdMix10
│ └── CMML_qc
│ ├── isa.study.xlsx
│ ├── protocols
│ │ └── prep_araPool.txt
│ └── resources
│ └── ArabidopsisPool
├── assays
│ ├── GCqTOF_targets
│ │ ├── dataset
│ │ │ ├── 150112_03.D
│ │ │ ├── 150112_04.D
│ │ │ ├── 150112_15.D
│ │ │ └── ...
│ │ ├── isa.type.xlsx
│ │ ├── isa.assay.xlsx
│ │ └── protocols
│ │ ├── metabolites_extr.txt
│ │ └── metabolites_chromatography.txt
│ │ └── metabolites_massspec.txt
│ └── MassHunter_Quant_targets
│ ├── dataset
│ ├── QuantReports
│ │ │ └── 22-0005_exp001.batch_a.bin
│ │ │ ├── 190614_QuantReport_ISTD_DB.xlsx
│ │ │ ├── ...
│ │ │ └── report.results.xml
│ │ ├── QuantResults
│ │ │ └── 22-0005_exp001.batch_a.bin.batch.bin
│ ├── isa.type.xlsx
│ ├── isa.assay.xlsx
│ └── protocols
│ └── masshunter_quant.txt
├── workflows
│ ├── CMML_qc
│ │ ├── isa.type.xlsx
│ │ └── quant_qc.R
│ └── CMML_quant_report
│ ├── isa.type.xlsx
│ └── quant_report.R
├── runs
│ ├── CMML_QC_001
│ │ └── cmml_qc_001.pdf
│ └── CMML_quant_report_001
│ ├── quant_report_001.xlsx
│ └── quant_report_001.pdf
└── isa.investigation.xlsx