add kallisto index workflows

runs/kallisto_index/run.cwl

+#!/usr/bin/env cwl-runner
+
+cwlVersion: v1.2
+class: CommandLineTool
+
+hints:
+  DockerRequirement:
+    dockerPull: quay.io/biocontainers/kallisto:0.43.0--hdf51.8.17_2
+
+inputs:
+- id: sh_script
+  type: File
+  inputBinding:
+    position: 0
+- id: in_genome_ref
+  type: File
+  inputBinding:
+    position: 2
+- id: out_folder
+  type: string
+  inputBinding:
+    position: 3
+
+outputs:
+- id: outdir
+  type:
+    type: array
+    items: Directory
+  outputBinding:
+    glob: $(runtime.outdir)/$(inputs.out_folder)
+- id: example_out:
+  type: stdout
+stdout: output.txt
+
+baseCommand:
+- bash

runs/kallisto_index/run.yml

+cores: 1
+sh_script:
+  class: File
+  path: ../../workflows/kallisto_index/kallisto_index.sh
+in_genome_ref:
+  class: File
+  path: ../../studies/ ##TODO
+out_folder: ./out

workflows/kallisto_index/kallisto_index.sh

+#!/usr/bin/env bash
+
+### Build kallisto index
+
+################################################
+#### Read arguments from CLI
+################################################
+
+in_genome_ref=$1
+out_folder=$2
+
+################################################
+#### Print version and citation to test kallisto 
+################################################
+
+kallisto version
+kallisto cite
+
+################################################
+#### If it does not exist, create out dir
+################################################
+
+mkdir -p $out_folder
+
+################################################
+#### Build kallisto index
+################################################
+
+kallisto index -i $out_folder/kallisto_index $in_genome_ref